Olá, @Marco! Vamos lá... lembrando que tem o tópico "Moka: como eu faço" para receitas específicas para ela.
1. Com capacidade para 6 xícaras e fogo bem baixo, 5 minutos é normal.
2. e 3. Pela comparação com o açúcar cristal, esta granulometria (para mim, e tb para os padrões moka) está muito grossa, e a peneira tem uma malha muito aberta, tente achar uma com malha mais fina que deverá melhorar. Já que vc não é mais um novato em peneiração pode continuar experimentando com estas de cozinha mesmo! Peneirar envolve este problema da "perda", quando eu peneirava com granulométricas, numa peneiração bem eficiente, a perda chegava a 50% com o meu MD-40, mas já testei com um EK43 e ela foi de 25%, então alguma perda é normal. Como uso pouco café por preparação (em torno de 11g) então o custo benefício compensava, pelo resultado muito superior na xícara. Além de uma peneira com malha mais fina, que vai diminuir a perda, vc não precisa agitar tanto, basta por ora o suficiente para tirar parte do excesso de partículas mais finas que o resultado será bem melhor.
4. Sim, em qualquer método quanto mais grossa a granulometria, mais rápido a água passa pelo café.
5. Café ácido, se não for uma característica (ou mesmo defeito) do café é um sintoma de subextração, e isso é mais verdadeiro quando a acidez tende pro azedo. Um café meio azedo foi menos extraído do que um café com acidez cítrica, que por sua vez é menos extraído do que um com sabor de limão, que é menos extraído do que um com nota de limão siciliano ou taiti, ou seja: em princípio, quanto mais qualificada e definida a acidez, maior e melhor foi a extração. Esta é uma das principais características de cafés melhor extraídos: maior doçura (o que tb qualifica a acidez), acidez mais brilhante e definida, menor ou nenhum amargor, surgimento claro de notas florais e herbais; isso se o café for no mínimo muito bom, e com torra apropriada para coados: entre moderamente clara, ou clara média.
Na moka não tem muito como controlar o tempo de infusão e a temperatura de extração (mas dá, vide aquele tópico sobre moka), mas usando uma BR mais baixa (o que é uma questão de gosto pessoal) e moagem um pouco mais fina do que aquela que vc mostrou nas fotos, a acidez vai diminuir e melhorar qualitativamente porque vc estará extraindo mais do conjunto do pó. Em outros métodos, como o Freedom lembrou, aumente a agitação, e também aumente a temperatura da água (só uso água fervendo), tempo de infusão ou percolação, com moagem mais fina, que a acidez vai melhorar. Eu particularmente gosto de cafés com acidez mais alta, mas desde que qualificada (sentindo, por ex., que é limão siciliano ou taiti, em vez de simplesmente limão; ou que é cranberry ou groselha, em vez do genérico frutas vermelhas; ou que é pêssego ou damasco, em vez do indefinido frutas amarelas etc.).
Bons experimentos! esta é a grande diversão deste nosso hobby.