Oi @eakira , tente de todas as formas, várias vezes, veja aquilo de que você gosta mais. Realmente não tem resposta certa, tem é o seu paladar - e essas preferências mudam com o tempo também.
De todo modo, o filtro te dará uma bebida mais limpa, mas perderá um pouco de corpo e dos óleos da moka. Ganha de um lado, pode perder do outro. Novamente, questão de gosto.
Uma outra dica possível para reduzir o pó é tentar tirar a moka do fogo logo antes de o café começar a sair mais "clarinho", espumadinho. Aí pode ser que uma parte dele não suba, e com isso, menos resíduo. EDIT: Lembrei também que assim que tirar a moka do fogo dá para resfriar ali a caldeira, ou botando numa toalha molhada ou molhando. Aí interrompe a extração na hora. Outra possibilidade.
No mesmo estilo, você também pode, depois que a moka tiver acabado de passar o café (ou quando você tirou um pouco antes) deixar ela parada ali uns minutinhos. De modo que uma parte do pó decante e fique grudada ali na cafeteira mesmo. E aí não vai pra xícara.
Há vários macetes, vai tentando aí, experimentando, que você vai descobrir o que é o melhor para você.