Olá.
Estou fazendo alguns testes e espero comentar em breve. Tentando responder suas perguntas:
Recomendação inicial: esvazie a bandeja coletora com a mesma frequência de esvaziamento do compartimento de borras. Não confie 100% na precisão do volume selecionado (ex.: pedi 80ml de água e saíram 97ml; se fosse um recipiente pequeno, teria transbordado).
EDIT: sempre deixe uma xícara na saída de café. Ao ligar e ao desligar a máquina, ela automaticamente limpa a tubulação, como já observado aqui.
O café, se for o América, me deu uma pista de que não é lá grandes coisas, ao dizer que é "selecionado nas regiões premiadas." Suspeito... Vou testar em métodos como V60, só para verificar.
No manual diz que o filtro é dispensável, apesar de recomendável.
Saudações!