Trazendo uma pequena atualização aqui no tópico, nas opções que eu principalmente recomendo, visando a qualidade do café em si (opções de alimentação acabam sendo um bônus, para mim).
Baden: sugiro a unidade de torrefação, na Rua Azevedo Sodré no. 74, para ter uma experiência mais abrangente, além de ser um espaço bom para conversar com o time do atendimento (Tiago, sr. da torra lá, e que também ministra workshops e cursos, é muito gente boa e aberto para trocar ideia sobre café/preparo/torra etc.). Também possuem outras unidades na cidade. Preparam diversos métodos - sai até uma Aram, se você pedir, e não for um dia de muito movimento (quem conhece, sabe o trabalho que gera). É o lugar que eu mais gosto de ir.
Yami: meu espresso preferido na cidade. Estão localizados em uma região legal, na Rua Fabrício Pilar, no 198; infelizmente eles não têm trabalhado mais com o Café da Rosa, do Café Cordilheiras, do Espírito Santo - mesmo assim, possuem excelência tanto em filtrados, como espressos. Possuem uma pequena torra integrada, junto ao balcão/atendimento. Adicionalmente, as opções de alimentação são muito boas, sendo uma cozinha sem glúten.
Williams&Sons: bastante tradicional, com a unidade de torra também na Rua Azevedo Sodré (ao lado do Baden), mas atendimento principalmente na Rua Pedro Ivo, no. 492. Possuem bastante variedade de cafés para venda, sempre exaltando o produtor (característica da marca).
Ginkgo: na Rua Bordini, no. 332. Lugar muito agradável, com diversos ambientes. Também é uma floricultura, ao mesmo tempo. Prefiro o café filtrado (Chemex, principalmente), em relação ao espresso. Possuem espaço para trabalho, e opções variadas de alimentação (tanto para almoço, como lanches).
Síndico Café: fui apenas uma vez, pois é longe de onde eu moro, mas pedi uma Aeropress, em algum grão que passou por processo de fermentação. Foi o café mais próximo que já tomei do Café da Rosa, que citei mais acima, que até então é o meu grão preferido. Gostei do lugar, e conversei bastante com o barista que me atendeu.
Porto Alegre é uma cidade que atende bem o público do café. Existem várias outras que eu já fui (Motu, Oh Bruder, Startt&Brothers, Origem, Caffeine&Co., Dude Coffee, Mr. White etc.), mas ressaltei acima as que efetivamente recomendo, levando o café em quesito.