Não diria que confere muito, não.
Sim tem um artigo da Unicamp mostrando que se extrai alumínio na bebida quando se usa essas maquinas (provavelmente do selo na parte de cima da cápsula) , mas o mesmo artigo destaca que a quantidade de alumínio que você vai consumir no café por conta disso vai ser algumas ordens de magnitude menor do que seria considerado seguro por órgãos reguladores, então eu não usaria a palavra saudável.
Motivos que eu considero mais razoáveis para trocar pra uma superautomatica incluem não dar seu dinheiro pra Nestle, poder escolher cafés de qualidade muito muito superior mantendo um nível similar de praticidade, produzir menos lixo e, a longo prazo, gastar menos.